Следствием прорыва «Металлурга» на вершину областного футбольного олимпа стало его участие в 1989 г. в чемпионате Российской Федерации среди команд, коллективов физкультуры по зоне Поволжье. Заметно прибавившие в мастерстве, опыте и, что особенно важно, уверовавшие в свои силы футболисты ВМЗ и этот сезон провели очень достойно. Из десяти команд, «поселенных в зоне», только пензенский «Гранит» смог дважды переиграть выксунцев (он и стал победителем турнира). Набрав 27 очков, команда-дебютант с ходу прорвалась в число призёров. Занявший третье место «Горизонт» (Волгоград) «Металлург» опередил на пять очков.
С этого сезона старшим тренером команды был Е.М. Попов. За «Металлург» выступали А. Зайцев, В. Трусилин, А. Киров, Н. Викулов, В. Киров, М. Спирин, М. Гроздов (капитан), С. Вайнер, С. Вятин, И. Каверин, А. Курганский, В. Денискин, О. Дроздов, А. Кондраков, В. Горбенко, А. Бушуев, Д. Модин, В. Федулаев.
В 1990 г. команда приняла участие в коммерческом турнире «Футбол России». Зона «Центр» включала ряд команд Подмосковья, в составе которых были игроки, имевшие опыт выступления в высшей и первой лигах. «Металлург» занял 5-е место. В такой «компании» итог, безусловно, неплохой.
С 1991 г. чемпионат РСФСР среди КФК был объединён с турниром «Футбол России». «Металлург» вновь был в зоне «Центр». Победитель зоны выходил в финал чемпионата, серебряный призёр – в финал «Футбола России». Однако команда ВМЗ заняла лишь 13-е место (всего участников было 16).
1992 г. Выксунская команда, приняв участие в розыгрыше кубка Всероссийской ассоциации футбола, дошла до полуфинала. Из предварительного турнира «Металлург» вышел в четвертьфинал с первого места в группе «Г». А в полуфинале уступил «Гиганту» из Воскресенска, который был вторым в той же, что и наша команда, группе (1:1, 1:3). Последний в итоге и стал обладателем кубка.
1993 г. После четырёхлетнего перерыва команда ВМЗ вновь участвовала в чемпионате области. Потеряв в статусе, «Металлург» не обделил болельщиков положительными эмоциями. Его потенциал, большой турнирный опыт и, конечно же, возросшие за предыдущие годы амбиции позволили «с лёту» завоевать золотые медали. В 38 матчах выксунские футболисты 31 раз одержали победу, шесть матчей завершили вничью и лишь однажды потерпели поражение. Игрок «Металлурга» Д. Модин, забивший в ворота соперников сорок мячей, был признан лучшим бомбардиром чемпионата.
